Osmanlı döneminden cumhuriyete geçişte, gümrüklerin Umum Müdürlük şeklinde Maliye Vekaleti’ne bağlanmasından sonra, 1.6.1929 tarihli 1499 sayılı ilk "Gümrük Tarifesi Kanunu" 1 Ekim 1929 tarihinde uygulanmaya başlanmasıyla, bugünkü Gümrük Müsteşarlığı’nın önü açılmış oldu.
Daha sonra 29 Aralık 1931 tarihli ve 1909 sayılı kanunla Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti (Gümrük ve Tekel Bakanlığı) kuruldu.
Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti; kaçakçılıkla etkili bir şekilde mücadele edebilmek, uluslararası ticaretin kolaylaştırılması, vergilerin tahsili, dış ticaret kayıtlarının tutulması gibi görevler üstleniyordu.
27 Temmuz 1931 tarihli 1841 sayılı Kanunla, güney sınırlarımızda, yarı askeri bir hüviyet gösteren Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı kuruldu. Bu kumandanlık, daha sonra Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti’ne bağlandı.
Bu kurumun çalışmalarını düzenlemek amacıyla tarife kanunlarından ayrı olarak yayınlanan ilk Gümrük Kanunu da 2 Mayıs 1949 tarihli 5383 sayılı yasadır. Bu yasa, Cumhuriyet döneminin ilk Gümrük Kanunu’dur.
Gümrük ve Tekel Bakanlığı 1983 senesinde kaldırılmış, 13.12.1983 günlü 178 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Maliye ve Gümrük Bakanlığı kurulmuş ve Gümrük ve Tekel Bakanlığı’nın merkez ve taşra örgütü de yeni kurulan bu Bakanlığın bünyesi içinde aynen yer almıştır.
Tarihi gelişimi içinde, 1983 yılında Maliye Bakanlığı ile birleştirilen ve bir anlamda tekrar Maliye Bakanlığı’na bağlanmış olan Gümrük Teşkilatı’nın bu yapısı 1993 senesine kadar sürmüş, 2.7.1993 günlü 485 sayılı "Gümrük Müsteşarlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname" ile gümrükler, tekrar Maliye Bakanlığı’ndan ayrılarak, Başbakanlığa bağlı bir Müsteşarlık olarak organize edilmişlerdir.
Görevleri
* Gümrük politikasının hazırlanmasına yardımcı olmak, gümrük politikasını uygulamak,
* Gümrük Kanunu ve gümrüklerle ilgili diğer mevzuat ile uluslararası sözleşmeler hükümlerinin uygulanmasını sağlamak,
* Gümrük tarife oranlarının tesbitine yardımcı olmak, gümrük vergileri ile gümrüklerce alınan diğer gelirler ve fonların tarhı, tahakkuk ve tahsilini sağlamak ve kontrol etmek,
* Gümrük kontroluna tabi kişi eşya ve araçların muayene ve kontrolunu yapmak, bu işlemlerin etkin ve süratli yapılmasını sağlıyacak tedbirleri almak,
* Gümrüklerle ilgili istatistiki bilgileri toplamak ve değerlendirmek,
* Gümrük denetimine tabi eşya ve araçların muhafazasını sağlamak, gümrükte giriş ve çıkış işlemlerine tabi eşyanın, saptanmış olan norm ve standartlara uygunluğunu denetlemek,
* Kara hudutlarındaki gümrük kapıları ile pasavan kapılarında, gümrük teşkilatı bulunan hava ve deniz limanlarında ve serbest bölge ve çeşitli antrepo ve iç gümrük sahalarında ve gümrük bölgelerinde gümrük muhafaza görevleri ile kaçakçılığın men, takip ve tahkik görevlerini yerine getirmek,
* Diğer yer ve sahalarda da gerektiğinde ilgili kuruluşlarla işbirliği yaparak kaçakçılığı men, takip ve tahkik etmek,
* Milletlerarası kuruluşların Müsteşarlık hizmetlerine ilişkin çalışmalarını takip etmek, bu konularda görüş oluşturmak yurtdışı ve yurtiçi faaliyetleri yürütmek,
* Çeşitli kanunlarla Müsteşarlığa verilen görevleri yapmak,
* Bu görevleri yerine getirecek meslek memurlarını yetiştirmek, ve bu konudaki düzenlemeleri yapmak,
* Yukarıdaki görevlerin uygulanmasını takip etmek, değerlendirmek, incelemek ve denetlemek.