İstanbul’da Fatih medreseleri yapıldıktan sonra, Osmanlı Devleti sınırları içindeki medreseler de bir derecelenmeye, yeni bir teşkilâta tabi tutuldu. Buna göre, medreseler aşağıdan yukarıya doğru şöyle sıralandı:
Hâşiye-i Tecrid: Buralarda çalışan müderrislerin yevmiyesi 20-25 akça idi. Burada okutulan ana kitap “Hâşiye-i Tecrit” olduğundan medrese de bu adı almıştı. Bu kademede ayrıca Emsile, Bina, Maksût, Avâmil, İzhar, Kâfiye, Şerh-i Tevalî, Şerh-i Feraîz, Mutavvel gibi kitaplar okutulurdu.
Miftah medreseleri: Hâşiye-i Tecrid medreselerinin üstünde, müderrislerinin 30-35 akçe aldıkları ve okutulan ana kitabın “Şerh-i Miftah” olması nedeniyle bu ismi almış medreselerdi. Ayrıca burada da Hâşiye-i Tecrid, Tenkih ve Tavzih, Mesâbih gibi kitaplar okutuluyordu.
Kırklı medreseler ve Hâriç elli medreseleri: Osmanlılardan önceki sultan ve emirlerin yaptırmış oldukları medreseler bu adı alıyorlardı. Müderrisleri 40 akça alıyordu. Bu medreselerin ilk sınıflarında Şerh-i Miftah, orta sınıflarında Şerh-i Mevakıf (Kelâm) ve yüksek sınıflarında da Hidâye (Fıkıh) okutuluyordu.
Dâhil elli medreseleri: Osmanlı padişahları, şehzade anneleri, padişah kızları ve şehzadelerin yaptırdıkları medreselere bu ad veriliyordu. Müderrisleri 50 akçe alıyordu. Aşağı sınıftakiler Hidaye, ortadakiler Telvih (Usul-ü Fıkıh) ve ilerdeki öğrenciler Keşşaf veya Kadı Beydavî tefsirlerinden birini okuyorlardı.
Musıla-ı Sahn: Derece olarak Dâhil elli medreseleri derecesinde idi. Ancak burası Sahn-ı Seman medreselerine öğrenci yetiştiren Tetimme medreseleri olduğu için, “Sahn medreselerine götüren” anlamında bu ismi almışlardı. Okutulan dersler de, Dâhil elli medreselerinde okutulan dersler idi.
Sahn-ı Semân medreseleri: Fatih Külliyesi içindeki en yüksek medreseler idiler. Müderrisleri 60 akça alan Mûusılâ-ı Sahn müderrislerinden daha çok ücret alırlardı.
Gerek müderrislerin yükselirken, gerekse öğrencilerin bir yukarı kademedeki medrese derslerine devam ederken, aşağıdaki medreseleri bitirmeleri, buradaki dersleri okuduklarına ve anladıklarına dair müderrislerden belge almaları gerekiyordu. Öğrenci geçişlerinde bu medreseler sıralamasına dikkat edilmesi üzerine bir çok fermanlar yayınlandığını, ama gene de sık sık bu sıralamanın bozulduğunu görüyoruz.
Süleymaniye Külliyesi yaptırıldıktan sonra medrese sıralamasına “İbtida-i Altmışlı” ve “Hareket-i Altmışlı” kademeleri ile Mûsıla-ı Süleymaniye, Hamise-i Süleymaniye, Süleymaniye ve Dârü’l-hadis medreseleri kademeleri eklenmişti. Ayna zamanda maaşı az olan medreseler arasında da bazı yeni sınıflamalar yapılmıştı.
Süleymaniye Külliyesi
Süleymaniye Külliyesi, 16. yüzyılın ortalarına doğru Kanunî Sultan Süleyman tarafından yaptırılmıştır. Mimarı, Mimar Sinan’dır. Eski Saray mevkiinde, İstanbul’un meşhur yedi tepesinden biri olan Süleymaniye tepesi üzerindedir.
Külliyenin öğretim elemanları, câmi merkeze alınmak sûretiyle kuzey tarafta Medrese-i Evvel ve Medrese-i Sâni, güney tarafta Medrese-i Sâlis ve Medrese-i Râbi, kıble tarafında Dârülhadis, güney batısında Tıp medresesi vardır. Bunların dışında Külliyede mektep, kütüphane, hamam, Tabhane, İmaret ve Dârüşşifa da bulunmaktadır.
Buradan da şunu çıkartabiliyoruz: Süleymaniye Külliyesinde 6 tane medrese vardı ve buralarda tıp, tabiiye, riyaziye ve dinî, hukukî ve edebî bilimlerin öğretimi yapılıyordu. Süleymaniye külliyesinin yapımı oldukça uzun sürmüş, Câmi 1556’da bitmiş olmasına karşın kuzeydeki medreseler câmiden daha önce (1552), Dârül-hadis 1557, batıdaki medreseler ise 1559 yılında bitmiştir.
Medreselerin müderrislerinin yevmiyeleri 60’ar akçe idi. Dârülhadis müderrisinin yevmiyesi ise 100 akçe idi. Bu medreselerde, zamanın en meşhur müderrisleri ders vermişlerdir. Tıp medresesinde de ders verecek tabibin hekimbaşılığa aday olabilecek kadar uzman olması istenmişti.
Öğrenciler medresenin “hücre”lerinde yatıp kalkıyorlar, günde iki defa “me’kel” denilen yemekhanede yemek yiyorlardı. Haftada dört gün ders yapılıyordu. Dâhil medreselerini bitiren öğrenciler ya Sahn-ı Seman (Fatih Külliyesinde) ya da Sahn-ı Süleymaniyeye giriyorlardı.
Süleymaniye medreseleri yapılınca, Fatih zamanında kurulmuş olan medrese ve müderris derecelenmesi yeniden değişti.
1. İbtida-i Hâriç
2. Hareket-i Hâriç
3. İbtida-i Dâhil
4. Hareket-i Dâhil
5. Musıla-ı Sahn (Bir çok müderris burada yığılıp kaldığı için “yatak” adını almıştı.)
6. Sahn-ı Seman
7. İbtida-i Altmışlı (60 akçe yevmiyeli 48 müderris vardı.)
8. Hareket-i Altmışlı (60 akçe yevmiyeli 32 müderris vardı.)
9. Musıla-ı Süleymaniye
10. Hâmise-i Süleymaniye
11. Süleymaniye Kibar-ı müderrisîn
12. Dârülhadis
Dârülhadis müderrisleri, isterlerse, “mahreç mevleviyeti” denilen bazı şehirlerin kadılıklarına geçebiliyorlardı. Her kademede kaç müderrisin bulunabileceğine dâir çeşitli nizamlar konulmuş, ancak müderris sayısı arttıkça kadrolar kabarmış, hattâ ek kademeler konulmuştur.
İstanbul ve Rumeli medreseleri
Osmanlı medreselerinin Balkanlarda da yayılmalarını sağladığı aşağı yukarı 1660 yıllarında, İstanbul ve Rumeli’deki medreselerin yerlerine ve derecelerine bakmak da yararlı olacaktır. O tarihlerdeki bir durumu bildiren Rumeli Kazaskerliğine bağlı medreselerin Rûznamesi (medreselerin, müderrislerin ve kadıların yerleri, dereceleri, atama ve azil kararnameleri v.s.) o zamanki medreseler sınıflamasını şu şekilde vermektedir:
1. Onlu medreseler
2. Onbeşli medreseler
3. Onsekizli medreseler
4. Yirmili medreseler
5. Yirmibeşli medreseler
6. Otuzlu medreseler
7. Kırklı medreseler
8. Ellili medreseler
9. Altmışlı medreseler
Bu sıralamadaki küçük yevmiyeli medreseler pek çok yerlere yayılmış olduğundan, bu düzeylerde belli bir eğitim eşitliği sağlanmıştı.