1903 yılında İstanbul’un Moda semtinde doğdu. Babası, Düyun-u Umumiye ikinci müdürü Ekrem Bey (Mehmet Ekrem Mualla Saygı) annesi Emine Nevber Hanım idi. Kız çocuk bekledikleri için önceden Mualla adını belirlemişlerdi, bebek erkek olunca Fikret adı eklendi. Çocukluk ve gençlik yılları Kadıköy, Bahariye çevresinde geçti. Saint Joseph ve Galatasaray liselerinde öğrenim gördü. Yatılı olarak Galatasaray Lisesi’ne verilmesinin sebebinin, kendisini derslerine çalışmaktan alıkoyan futbol tutkusu olduğu rivayet edilir. Futbolcu dayısı Hikmet Topuzer’in etkisi ile futbola çok düşkündü. 12 yaşında, Galatasaray Lisesi’nde futbol oynarken bir kaza sonucu sağ ayağının kırılması ve topal kalması ile büyük bir sarsıntı geçirdi. Çok düşkün olduğu annesinin kaybı ise onda derin izler bırakan ikinci olaydı. Okuldan kaptığı gribi eve taşıması sonucu İspanyol gribine yakalanan annesinin genç yaşta ölümü üzerine Fikret Mualla’nın hayatına suçluluk duygusu egemen oldu. Annesinin ölümünün hemen ardından babasının çok genç birisiyle yeniden evlenmesi de onu çok etkilemişti. Ardından babasının bu genç hanım yerine oğlunun tepki göstermeyeceğini düşündüğü akrabaları Behice Hanım ile evlenmesi de oğlunda benzer öfkeli bir tepki yarattı. Yaşadığı sarsıntılar Fikret Mualla’yı sinirli ve uyumsuz birisi yapmıştı. Babasının evliliğini bir türlü benimseyemeyen Fikret Mualla, 17 yaşında iken Galatarasay Lisesi’ndeki öğrenimini yarıda bırakıp İsviçre’ye mühendislik okuması için gönderildi. Bunu, evden atıldığı şeklinde yorumladı.
İsviçre’de zamanla, resmin mühendislikten daha çok ilgisini çektiğini fark etti. Savaş yıllarına rastlayan İsviçre’deki öğrencilik döneminde parasız kalmıştı. Dönemin konsolosunun (Rıza Bey) desteği sayesinde resim eğitimi almak için Almanya’ya geçti. Münih Güzel Sanatlar Akademisi’nde afiş ve desinatörlük, ardından Berlin Güzel Sanatlar Akademisi’nde resim eğitimi aldı. Akademide Hale Asaf ile birlikte Arthur Kampf’ın öğrencisi oldu. Almanya’da bulunduğu yıllarda babasının mali durumu bozulup para gönderemez hale gelmesinden sonra Mısır Hidiv’i Abbas Halim Paşa’dan maddi destek gördü. Almanya’da topallığı ve utangaçlığı nedeniyle yalnızlaşan Fikret Mualla, resim yapmadığı zamanlarda içki içiyordu. İlk defa 1928 yılında Almanya’da alkol bağımlılığı nedeniyle tedavi olmak zorunda kaldı. Tedavisinin ardından İtalya ve Fransa’daki sanat merkezlerini gezdi.
İstanbul yılları
Fikret Mualla, evden gelen para kesilince geçim sıkıntısı çektiği için 1927’de Türkiye’ye döndüğünde, mezun olduğu Galatasaray Lisesi’nde ve Ayvalık Ortaokulu’nda kısa bir dönem resim dersleri verdi. Galatasaray Lisesi’nden düşük maaş almasından ötürü, Ayvalık Ortaokulu’ndaki görevinden ise Ayvalık’ta o dönemde elektrik bulunmaması nedeniyle ayrıldı, İstanbul’a döndü. İstanbul sanat çevrelerinde umduğu ilgiyi bulamadı, çalışmaları aşağılandı. Bir süre ilgisini edebiyata yöneltti. Kendisiyle benzerlikler bulduğu Schiller hakkında bir kitap yazdı. Şiller (Schiller) 1759-1805, Hayatı ve Eserleri adlı kitabı 1932’de yayımlandı. 1938 yılında Ses dergisinde yayınlanan Usera Karargahı ve Masal adlı öyküleri de onun edebiyatçı yönünün eseridir.
Mualla, bu dönemde geçimini sahne kostümleri çizerek, kitap resimleyerek sağlıyordu. İstanbul Şehir Tiyatrosu sopranosu Semiha Berksoy’a duyduğu ilginin de etkisiyle Beyoğlu semtine yerleşti. İstanbul Şehir Tiyatrosu’nda sahnelenen Lüküs Hayat, Deli Dolu, Saz Caz gibi operetlerin kostümlerini çizdi; İsmail Hakkı Baltacıoğlu’nun Yeni Adam Dergisi’nin yazılarını resimledi, aynı dergide dönemin sanatçılarının portre desenleri ve karikatürlerini çizdi; Nazım Hikmet’in Varan 3 adlı şiir kitabını ve Benerci Kendini Nasıl Öldürdü? adlı oyununu resimledi. Resim yapmayı da sürdürüyordu, İstanbul’un çeşitli semtlerinden manzaralar yaptı. 1934 yılında suluboya ve desenlerini sergilediği ilk sergisini açtı, ancak fazla ilgi görmedi.
İstanbul döneminde, sanatsever Salah Cimcoz, ona Moda’daki konağında rahatça çalışacağı bir yer tahsis etmişti. Bu evde Cimcoz’un üç çocuğuna (birisi ilerde cumhurbaşkanı Fahri Korutürk’ün eşi olacak Emel idi) resim dersi veriyordu. Ne var ki Salah Cimcoz ile içkili iken yaşadıkları bir tartışma sonucu konağa gidip üzerinde çalıştığı portreleri parçalayan, dev bir panoda toplu halde portrelerini çizmekte olduğu devlet büyükleri hakkında uygunsuz sözler sarf eden Fikret Mualla, sözlerinden ötürü sorgu ve tatbikata uğradı. Ömrü boyunca onu terk etmeyecek polis korkusu böylece başladı. Bu olaydan sonra (1936) bir buçuk yıl süreyle Bakırköy Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastanesi’nde tedavi gördü. Hastanede ünlü doktor Mazhar Osman’ın kontrolündeydi ve Neyzen Tevfik ile aynı odayı paylaştı.
Paris yılları
Fikret Mualla, 1938 yılında babasını kaybedince yüklü bir mirasın sahibi olmuştu. Mal varlıklarını satarak Paris’e yerleşmeye karar verdi. Gitmeden önce, Abidin Dino’nun ricası üzerine 1939 Uluslararası New York Fuarı Türk Pavyonu için İstanbul konulu otuz kadar tablo yaptı. Aynı yıl Ses dergisi için çizdiği desenlerden bazıları müstehcen bulununca hakkında dava açıldı; Mualla, davadan beraat ettikten sonra 26 yıl boyunca yaşayacağı Fransa’ya gitti.
Fransa’ya gittiği dönemde ülkede Edvard Munch ve Wassily Kandinsky gibi ressamların temsilcisi olduğu dışavurumculuk akımı gündemdeydi, ressam da bu anlayıştan etkilendi. Paris’te kısa bir süre eğlenceli, lüks bir yaşam süren Fikret Mualla, II. Dünya Savaşı’nın başlaması ve ülkenin işgal edilmesi üzerine zor bir döneme girdi. Sanatçının, günlük gereksinimlerini karşılamak üzere tablolarını yok pahasına sattığı anlatılır. Alkol sorunu, polis fobisi, yurt özlemi nedeniyle yaşadığı sıkıntılar bir kaç kez hastanede tedavi görmesini gerektirdi. Fikret Mualla, sıkıntılarını resim yaparak ve içki içerek atlatmaya çalışıyordu. Ressam Hale Asaf’a aşık oldu ama karşılık görmedi. 2 ay için hastaneye yattı ama resmi bırakmadı. Bundan sonraki yaşamı çeşitli sanatseverlerin koruması atında sürdü. Mualla, hastanede kendisine resim yaptıran Dina Veiry’nin koruması altına girmişti. Burada yaptığı resimlerle 1954 yılında Paris’te ilk sergisini açtı. 25 yıl boyunca eserlerini toplu olarak hiçbir yerde sergilememişti. O güne kadar tablolarını satın almak isteyenler onu Paris kahvelerinde bulurlar ve genellikle eserlerini ucuza kapatırlardı. İlk sergisini de iki tablo simsarı organize etti. Sergide, eserleri büyük ilgi gören Mualla’nın tüm tabloları satıldı. Tablo simsarları, Mualla’ya vaadettikleri payı vermeyerek onu dolandırmışlardı ama bu sergi sanatçıyı Paris’teki sanat çevrelerine görkemli bir şekilde tanıttı, Paris ressamı olarak tanınmasını sağladı. Birçok büyük sanatçıyla tanıştı, Picasso’nun da dikkatini çekti. İkinci sergisini ise iki yıl sonra açtı ve sergiden sonra tekrar akıl hastanesine yatırıldı. Taburcu olduğunda sanayici Lharmin’le bir anlaşma yaptı. Aynı dönemde resimlerinin sürekli alıcısı olan Madam Aggnes ile tanıştı.
Mualla, resimlerinde Paris şehrini konu edindi. Giderek Paris ortamında bir ün kazandı. Eserleri, koleksiyon yapanlar tarafından toplanmaya başlamıştı. Ancak kendisine düzenli bir hayat kuramadı. 1962 yılında felç geçiren sanatçının bakımını Raguel Agnes adlı sanatsever üstlendi. Raguel Agnesi’in eşi Madam Fernande Agnes, onu bir bakıcı eşliğinde Relianne çiftliğine götürdü. 1967’de ölümüne kadar bu çiftlikte Madam Agnes için çok sayıda eser üretti. 1967 yılı Mayıs ayında sinir krizleri nedeniyle bir dinlenme evine yatırıldı. 20 Temmuz günü ölü bulundu. Paris Kimsesizler Mezarlığı’na gömüldü.
Cenazesinin isteğine uygun olarak yurduna getirilmesi 1974 yılnda gerçekleşti. Cumhurbaşkanı Fahri Korutürk’ün ilgilenmesi üzerine kemikleri İstanbul’a getirilerek Karacaahmet Mezarlığı’na gömüldü.
Günümüzde Paris’te Fikret Mualla Dostları adında bir dernek vardır, Bu dernek, Fikret Mualla’nın tablolarını muhafaza etme ve kaybolan tablolarını da arama sorumluluğunu yüklenmiştir.