Padişah Abdülaziz’in 10 Mayıs 1868 günlü nutkuyla fiilen çalışmaya başlayan Şurayı Devlet’in "Kavanin ve nizamat layihalarını tetkik ve tanzim, mesalihi mülkiyeyi tetkik, hükümet ile eşhas beyninde mütehaddis deaviyi rü’yet ve memurini devletin tahkik ahvaliyle, muhakemelerini icra" görevlerini yerine getirmek üzere kurulmuştur. "Hükümet ile eşhas beyninde mütehaddis davaları" görmek ve çözümlemek görevi, 1876 Kanuni Esasisi ile genel mahkemelere bırakıldığından, İmparatorluk Danıştayının yargısal görevi çok sınırlı kalmıştır.
İmparatorluk döneminde 54 yıl görev yapan Danıştayın faaliyeti, 4 Kasım 1922 tarihinde İstanbul’daki bütün merkez kuruluşlarının TBMM Hükümetinin idaresine geçtiği sırada sona ermiş, Cumhuriyet devrinde 669 sayılı Kanunla Danıştay yeniden kurulup, 6 Temmuz 1927 tarihinde çalışmaya başlamıştır. 669 sayılı Kanuna göre Danıştay, üç idari bir dava dairesi olmak üzere, dört daireden oluşmaktaydı.
1961 Anayasası, mahkemelerin ve hakimlerin bağımsızlığını hem yasama ve hem de yürütme organlarına karşı koruyabilmek için gerekli hükümleri öngörmekte idi. Bu Anayasanın 114 üncü maddesinde, "İdarenin hiçbir eylem ve işlemi yargı mercilerinin denetimi dışında bırakılamaz" denilmiş ve 1982 Anayasası ile bazı kısıtlamalar getirilmişse de, temel ilke korunmuştur.
1982 yılında ayrıca, ilk derece idari yargı mercileri olan idare ve vergi mahkemelerinin kurulmasıyla, idari yargı örgütünün kuruluşu tamamlanmıştır. Bu gün Danıştay, bu mahkemelerin üzerinde bir temyiz mercii olarak yargı görevine devam etmektedir.
Anayasa’da öngörülen Yüksek Mahkemelerden biri olan Danıştay, Anayasanın 155 inci maddesine göre, yürütme organına yardımcı bir inceleme, danışma ve karar organı olmanın yanısıra, yönetimin yargı yoluyla denetlenmesinde etkin ve önemli görev yapan bir yargı kuruluşudur.
Bugün Danıştayın idari görevleri ile yargı görevi birbirlerinden kesin olarak ayrılmış ve her iki görevi yürütecek daireler birbirinden tamamen ayrı olarak kurulmuşlardır. Yönetimin yargı yoluyla denetlenmesi görevini, idare ve vergi mahkemeleriyle birlikte, Danıştayın dava daireleri yürütmektedir.
Günümüzde Danıştay, 1982 yılında yürürlüğe giren 2575 sayılı Danıştay Kanununa göre örgütlenmiştir. Bu Kanuna göre Danıştay, onikisi dava, bir idari olmak üzere onüç daireden oluşmaktadır. Bugün Danıştayda, Danıştay Başkanı, Başsavcı, başkanvekilleri, daire başkanları ve üyeler olarak, 95 yüksek mahkeme hakimi görev yapmaktadır.
Danıştayda ayrıca, dava dosyalarını inceleyerek daire veya görevli kurullara gerekli açıklamaları yapmak, tutanakları hazırlamak ve karar taslaklarını yazmakla görevli, tetkik hakimleri ve davalar hakkında hukuki düşüncelerini bildirmek üzere savcılar bulunmaktadır.