Osmanlıların Nemçe ile savaşı devam ederken, her iki taraf da barış taraflısı oldukları için birbirlerini yokluyorlardı. Fakat her iki taraf da fedakârlıkta bulunmak istemedikleri için anlaşamıyorlardı. Veziriazam Lala Mustafa Paşa ise savaşa devam ettiği halde barış işini de takip etmekte idi.
Osmanlıların son başarısı özellikle Estergon’un geri alınması, Erdel ve Eflak işlerinin yoluna girmesi imparatoru iyice sarsmıştı. Bu sebeplerle imparator, anlaşma müzakeresine girişti. Lala Mehmed Paşa’nın bu sırada ölmesiyle Murad Paşa (Kuyucu) müzakerelere devam etti. Anlaşmanın sonuçlanmasına engel olan meselelerden biri de Estergon’un Osmanlı Devleti ‘ne geri verilmesi şartı idi. Avusturyalılar ise buna yanaşmıyorlardı. Hâlbuki buranın geri alınması, anlaşmazlıkların en önemlisini ortadan kaldıracaktı. İmparatora defalarca başvuran başkomutan arşidük Matyas, nihayet onun muvafakatini almıştı.
Barış delegeleri olarak Osmanlılar tarafından Budin valisi Ali Paşa ile Budin Kadısı Habil Efendi ve Murad Paşa’nın kethüdası Kadim Ahmed Efendi ve Budin eşrafından Nasrüddinzade Mustafa Efendi idiler. Erdel Bey’i Boçkayi tarafından görevlendirilen dört delege de vardı. İmparatorun delegeleri ise Komorin valisi olup antlaşma metninde Amorladı Yanoş denilen Molar ile kont Adolf Altan, Turzo Görk, İştuvan Mikloş, Nikola İstuanfi ve diğerleri idiler.
Delegeler Estergon ile Komorin arasında bulunan Zitva çayının Tuna Nehri’ne döküldüğü yerde buluştular. Nemçe delegeleri, özellikle yıllık verilen 30 bin dukanın kaldırılmasını ve kendi aleyhlerine ayaklanan Erdel voyvodasının antlaşma metnine dâhil edilmemesini ve barışın mümkün olduğu kadar uzun süreli olmasını, Erdel’in Avusturya’ya ait olduğunu ve Eflâk’ın tarafsızlığında ısrar etmek üzere sıkı talimat almışlardı.
Antlaşmanın Başlıca Şartları:
Müzakereler üç hafta devam etti. Sonunda 1606 Kasım ayının başından itibaren yirmi yıl süre ile ve 17 maddeyi kapsayan bir ön antlaşma imzalanmış ve esas antlaşma imza edilmeden önce Boçkayi’nin de muvafakati alınmıştı.
Antlaşmanın ikinci maddesi uyarınca Osmanlı hükümdarının bundan sonra imparatora, yazılarda kral tabiri yerine Çesar (imparator) lakabı kabul etmek suretiyle akran muamelesi yapılacaktır. Üç yılda bir de hediyelerle gönderilecek olan Osmanlı elçileri, divan çavuşu, müteferrika, çaşnigir rütbelerinde olmayıp sancak beyi derecesinde elçiler olacaktır.
Antlaşmanın on ve on üçüncü maddeleri gereğince de delegeler arasında kararlaştırıldığı üzere Sultan Kanuni Süleyman zamanındaki antlaşma gereği olarak Nemçe’de kalan Macaristan için imparator tarafından verilmekte olan yıllık otuz bin duka kaldırılarak ancak bu antlaşmanın yapılmasında yalnız bir defaya mahsus olmak üzere imparator, duka altınının üçte ikisinin karşılığı olan iki yüz bin kara kuruş vermeyi kabul ediyordu.
Bu on ve on üçüncü maddelerin kabul edilmesiyle Osmanlı Devleti , kendisinin saydığı Macaristan’ın Avusturya idaresinde kalan yerler dolayısıyla her yıl aldıkları vergiden vazgeçmeleri yanında zaten ellerinde olmayan bu toprakları ad olarak imparatora terk etmiş oluyorlardı.
Zitvatorok Antlaşması’nın birinci maddesi uyarınca Osmanlı hükumeti, imparator ile Erdel Beyi Boçkayi arasında yapılmış olan Viyana Antlaşması’nı tanımış olması sebebiyle Boçkayi’nin zehirlettirilerek öldürülmesinden sonra imparator, bu Viyana Antlaşması gereğince Boçkayi’nin Erdel’i kendisine terk etmiş olduğunu söyleyerek Osmanlılar’ın kılıçlarıyla aldıkları bir yer için hak iddiasına kalkışmıştır. Fakat Osmanlı hükumeti bunu tanımayınca arada devamlı bir anlaşmazlık sürüp gitmiştir.
Antlaşmanın 15, 16 ye 17, maddeleri gereğince, önce Osmanlılara ait iken antlaşma esaslarına göre Avusturyalıların ellerine geçen Yanık, Estergon, İstoni Belgrad ve Peşte kaleleri geri alındıktan başka bunlardan ayrı olarak da Eğri, Kanije, Uyvar mevkileri de yeniden zapt edilmişti.
Zitvatorok Antlaşması’nın bazı hükümleri sonraları Erdel ve diğer hudut işleri yüzünden değişikliğe uğramıştır. Bunlardan biri (1616 Haziran) on iki madde üzerine yirmi yıl olarak yenilenmiştir. Bu yeni antlaşma Türkçe, Almanca, Macarca olarak üç dil üzerine düzenlenmiştir. Bu son antlaşmada da Nemçe’nin Erdel’e saldırmaması kesin surette belirtilmiştir.
Bu tarihten sonra (1628 Ocak)’da on bir madde üzerine ve yirmi yıl süre ile antlaşmada yeni bir değişiklik yapılmıştır. Asıl anlaşmazlık Boçkayi’nin Viyana antlaşmasıyla öldükten sonra Erdel’i imparatora terk etmesi ve Osmanlı delegelerinin de bu antlaşmayı kabul etmesinden doğmuş ve bu dikkatsizlik, imparatora Erdel üzerinde hak iddia etmesini sağlamıştır. Bu ihtilaf Karlofça Antlaşması’nın yapılmasına kadar devam etmiştir.