Daha önce Roma ve Bizans topraklarında ve onların hâkimiyeti altında yaşayan Ermeniler, Türklerin Anadolu’da hegemon güç olmasıyla birlikte, Selçuklu ve Osmanlı toprakları üzerinde ve onların hâkimiyeti altında varlıklarını devam ettirmişlerdir. Hatta Müslüman Türklerin Anadolu’yu fethinde Türklere yardımcı olmuşlardır. Bu dönemde Türklerle Ermeniler iç içe, yan yana ve birlikte, dostça yaşamışlardır. Ermeniler, Türk kültüründen etkilenmişler ve kendi istekleriyle Türkçe konuşmaya başlamışlardır.
Bizans hâkimiyeti altında Ermeniler büyük zorluklar çekmişlerdir. Gerçekte Bizanslılar, Gregoryen olan Ermenilere karşı mezhepleri yüzünden antipati beslemekteydiler. Ancak düşmanlıklarının kaynağında Ermenilerin kendilerine karşı olan ihanetleri vardı. Bu yüzden Bizanslılar, uzunca bir süre Ermenilere kin ve nefretle bakmışlar ve onlar aleyhinde olmuşlardır. Bu durum Ermenilerin Selçuklu hâkimiyetine girmelerine kadar sürmüştür. Burada şu iddia edilebilir ki, eğer Ermeniler Selçuklu hâkimiyetine girmemiş olsalardı dinlerini ve kültürlerini koruyamamış, doğal olarak da bugünlere gelememiş olacaklardı. Zira (IV. yüzyılda) Bizans döneminde Ermenilerin ana dili yasak edilmiş, ruhanî reislerinin millet üzerindeki haklan tanınmamış özellikle de 452 Chalcedoine (Kadıköy) meclisi toplantısından sonra Bizanslılar, Ermenilerin inançlarındaki aykırılıkları sökmek, kilisenin etkilerini, milliyet hislerini ortadan kaldırmak için onları sürgün etmiş ve Bizans’ın daimi politikası olarak Ermenileri daima bulundukları bölgenin dışına çıkarmışlardır.
Türk-İslam felsefesinin Gayrimüslimlere yaklaşımı hoşgörü çerçevesinde gerçekleşmiştir. Türkler, fethettikleri bölgelerdeki Gayrimüslim halk ile onların hak ve hukukunu güvence altına alan zimmet adı verilen bir anlaşma yapmış ve bu halka da zımmi adını vermiştir.
Osmanlı Devleti’nin kuruluşu, gelişmesi ve özellikle İstanbul’un fethi sonucu Bizans’ın yıkılmasıyla Ermeniler için tarihlerinin hiçbir döneminde yaşamadıkları yeni bir çağ açılmış, üzerlerindeki dinî, siyasî, toplumsal ekonomik ve kültürel her türlü baskı kalkmış, böylece barış, güven, huzur ve refah dönemi başlamıştır.
Osmanlı Devleti Türk kökenli, İslami yapıya sahip ve çok uluslu bir devletti. Bu çok uluslu yapı içerisini Türkler kadar, diğer uluslara da yer vardı. Nitekim, ilk Osmanlı padişahı Osman Bey, Ermenilerin Bizans’ın zulmünden korunmaları için Anadolu’da ayrı bir toplum olarak örgütlenmelerine izin vermiş ve Batı Anadolu’daki ilk Ermeni dinî merkezi Kütahya’da kurulmuştur. Bursa’nın alınarak başkent yapılması üzerine bu dini merkez Kütahya’dan Bursa’ya taşınmış, daha sonra Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u fethiyle Bursa’daki Ermeni dinî lideri Hovakim l461’de İstanbul’a getirilmiş, Fatih’in fermanı ile de İstanbul’da bir Ermeni Patrikhanesi kurulmuştur. Bu gelişmeden hemen sonra İran, Kafkasya, Balkanlar, Kırım, Doğu ve Orta Anadolu’dan İstanbul’a Ermeni göçleri başlamıştır. Böylece Osmanlı İmparatorluğu, Ermeniler için bir çekim merkezi hâline gelmiştir.
Osmanlı yönetiminin Ermenilere karşı bu tutumu Ermeni toplumu ve kilisesinin yaşamasına ve gelişimine önemli katkıda bulunmuştur. Hatta denilebilir ki Osmanlı Devleti’nin ve -kilisesi de dahil olmak üzere Ermeni toplumunun gelişmesi paralel bir şekilde olmuştur. Osmanlı İmparatorluğu Gregoryen Ermenileri “millet” adı altında örgütlemiş ve onları kendi dinî liderlerinin yönetimine bırakmıştır. Fatih Sultan Mehmet, Ermeni Patrikhanesini kuran fermanında, Patriğin, İmparatorlukta yaşayan bütün Ermenilerin hem ruhani hem de cismanî lideri olduğunu hükme bağlamıştır.
Ermenilere, din, kültür, eğitim ve hayır işlerini yürütebilmeleri için gerekli malî olanaklara kavuşabilmek bakımından vakıf kurma imkanı da tanınmış, hatta kendi malî güçlerinin yetmemesi hâlinde Osmanlı yönetimi yardımda bulunmuş, Patrikhanenin eksiklerini tamamlamış, Ermeni kurumlarına malî destek sağlamıştır.
Ermeni toplumu kendisine tanınan hak ve ayrıcalıkları başarıyla kullanarak hızla gelişmiş ve refaha kavuşmuş, ayrıca Türk-Osmanlı kültür, yaşam tarzı ve yönetim biçimini de benimseyerek kısa süre içerisinde Osmanlı yönetiminin güvenini kazanmıştır. Bu güven sayesinde iş hayatında olduğu gibi, kamu hizmetlerinde de önemli yerlere gelmişlerdir.
Osmanlı tarihi. Ermenilerden 29 paşa, 22 bakan, 33 milletvekili, 7 büyükelçi, 11 başkonsolos ve konsolos, 11 üniversite öğretim üyesi, ve 41 yüksek rütbeli memur kaydetmektedir. Ermenilerin yapmış olduğu bakanlıklar arasında Dışişleri. Maliye, Ticaret ve Posta Bakanlıkları gibi son derece önemli ve kilit mevkiler olmuştur. Böylece, Ermeniler, Türkler başta olmak üzere, imparatorluğun bütün unsurlarıyla XIX. yüzyıl sonlarına kadar barış ve güven içerisinde yaşamışlar, Osmanlı yönetimiyle ilgili herhangi bir sorunla karşılaşmamışlardır.
XIX. yüzyılın ikinci yarısından itibaren Ermeni sorunundan bahsedilmeye başlanır. Ermeni sorununa başlangıç arayanlar bunu, 1856 Islahat Fermanı ya da 1877 -1878 Osmanlı-Rus Savaşı ve bunu izleyen Ayastefanos Antlaşması ve Berlin Konferansına taşırlar. Aslında bu yaklaşımlar yanlış değildir. Ancak, meselenin 1856’ya veya 1877 – 1878’e taşınmasının alt yapısını incelemeden, buna neden olan faktörleri açıklamadan doğrudan Islahat Fermanına veya Berlin Konferansına bağlamak meseleyi oldukça kısır bırakır.
Ermeni sorununun ortaya çıkışında dünya siyasasındaki gelişmelerin önemli etkisi ve katkısı olmuştur. Bunlardan birisi, Sanayi Devriminin çok tabî paraleli olan sömürgeciliktir. Bir diğer olay hemen bütün dünyayı etkisi altına alan Fransız İhtilâli ve paralelinde gelişen milliyetçilik olgusudur. Ermeniler, Osmanlı İmparatorluğu içindeki azınlıkların birer birer isyan ettiklerini, bunların muhtariyet ve/veya bağımsızlıklarını elde ettiklerini görmüşlerdir. Bu olaylar neticesinde kendilerinin de böyle bir harekete girişebilecekleri düşüncesi ortaya çıkmıştır.
Etkenlerden biri de dinî ideoloji bağlamında çıkmıştır. Osmanlı toplumu içerisinde ilk başta sadece mezhep olarak Gregoryen Ermenileri mevcut iken Fransa’nın çalışmaları sonucu Katolik bir Ermeni topluluğu ve akabinde Ermeni Katolik Kilisesi, İngiliz ve Amerikalı misyonerlerin çalışmaları ve İngiliz Hükümetinin baskısı ile Ermeni Protestan Kilisesi ortaya çıkmıştır.
Türkiye’de Ermeni meselesi üzerine yazılmış kaynak niteliğindeki kitaplar incelendiğinde hemen hepsi sorunun ortaya çıkışındaki baş aktörü Rusya olarak gösterir. Ancak Rusya. Ermeni ayaklanmalarındaki etkilerden sadece biridir. Rusya’nın yanı sıra Ermeniler arasında Katoliklik propagandası yapan Fransa’nın; Ermeniler üzerinde Protestanlığı çıkarları için yerleştirmeye çalışan İngiltere’nin; ABD ve Almanya gibi devletlerin doğrudan veya dolaylı olarak mesele üzerinde göz ardı edilmeyecek kadar önemli etkileri olmuştur. Bu devletler 1840 tarihinden sonra çıkan olaylardan faydalanarak mezheplerinden olardan himaye etmek amacıyla Osmanlı İmparatorluğundaki nüfuzlarını kuvvetlendirmeye başlamışlardır.