Fatih Sultan Mehmet, meşhur külliyesini yaptırmadan önce Ayasofya Camiine ve Zeyrek mahallesine birer medrese kurmuştu. Bunlar bir nevi Fatih Medreseleri olarak anılmaktaydı. Ayasofya medresesi Molla Husrev ile Ali Kuşçu’nun ders verdiği medrese idi. Fatih’in “Semaniye” medreseleri yapılınca ortadan kalkmıştır. Zeyrek medresesi de bir manastırda açılmıştır. Buranın ilk müderrisi Molla Zeyrek olduğundan, medrese ve etrafındaki mahalle bu âlimin adını almıştır. Gene bu medresede Ali Tûsî de ders vermişti ve aynı medresenin müderrislerinden Hocazâde ile “tehafütü’1-felsefe” üzerine meşhur tartışmaları yapmışlardı.
Fatih’in büyük külliyesi yaptırılınca, İstanbul’un ilk Türk yükseköğretim kurumları olan bu medreseler bütün öğrencileri, araç-gereçleri ve müderrisleriyle oraya taşınmışlardı.
Fatih külliyesi, Ayasofya kadar muhteşem olan bir kilisenin yıkıntıları temizletilerek, İstanbul’un muhteşem tepelerinden birinin üzerine yaptırılmıştı. Külliyenin yapımı 1462’den 1470 yılına kadar sürdü. Külliyede bir câmi, tetimme ve Semaniye medreseleri, türbe, Dârüşşifa, hamam, imaret (aşhane, misafirhane), Tabhane (takat, kuvvet verilen yer), bâlâhaneler (misafir odaları), 4 tane muvakkıthane (zaman ölçme yerleri) ve bir de mekteb-i şerif (ilkokul) vardı. Medresenin müderrisleri de bu civardaki evlerde oturduğundan, daha sonraki yüzyıllar içinde İstanbul’un Fatih semti tam bir yükseköğretim semti olmuştur (Bu durum 1918 yangınına kadar devam etmiştir).
Semaniye medreseleri Külliyenin Akdeniz ve Karadeniz taraflarında idi. Bunların hizasında 8 medrese daha vardı ve bunlar, Semaniye Medreselerine öğrenci hazırlayan Tetimme Medreseleri idiler.
Tetimme medreselerine “Musıla-ı sahn” da denilirdi. Burada okuyan öğrencilerin adları da “suhte” (daha sonra “softa” olmuştur) idi. Sahn medreselerinin tam arkasına rastlayan bu medreselerin yapı planları da onlara benzemiyordu. Tetimmeler sınıf sınıf ayrılmakta idi ve bu ayrım “baş” ve “ayak” tabirleriyle yapılıyordu.
Suhteler “mukaddimat-ı ulûm”u okuduktan sonra “mülazım” olur ve ihtisas yaparlardı. Bunların da bir kısmı Sahn medreselerine geçerek “dânişmend” olurlardı. Her Tetimmede 8 hücre, her hücrede de önceleri üç öğrenci olurdu. Daha sonraları nüfus artınca, buralarda kalan öğrenci sayısı da artmıştır. Suhteler, derslerini “muid”lerden ve “müsteiddin” öğrencilerden alırlardı.
Semaniye medreselerine “Kurşunlu medreseler” de denir. Bunlar öğrencilerini “Hâriç”ten ve Tetimme medreselerinden alırlardı. Bunlar, Külliyenin ve devrinin ihtisas medreseleri idiler ve burada her dânişmende bir oda veriliyordu. Sekiz medreseden her birinin bir büyük dershaneleri ve ayrıca 20 tane de odası vardı.
Fatih medreseleri naklî ve aklî bilimlerde öğrenci yetiştirmek için kurulmuş medreselerdi. “Sahn” sözü, önceleri yalnız bu medreseler için kullanılırken sonra başka medreselere de ad olarak verilmiştir. Fatih Külliyesinin bir kütüphanesi olduğu gibi, ayrıca medreselerin de kütüphaneleri vardı.
Külliye hakkındaki bilgileri elimizdeki çeşitli vakfiyelerinden elde ediyoruz. Buna göre, külliyenin tatil günleri Salı idi. Bayram ve Kandil günlerinin dışında Ramazan ayı da tatil olurdu. Medresede dersler sabah ve akşam dersleri olarak belirleniyordu. Öğle ile ikindi arası dinlenme zamanıydı.
Medreselerde Ali Kuşçu tarafından düzenlenen bir okutma planının olduğu, hattâ bunun “Kânûnnâme” şeklinde yapıldığı da biliniyor, ama bugüne kadar ele geçirilememiştir. Kanunî devrinde bu medreseler şer’î ilimler ihtisası yapılan medreseler olmuşlar, Süleymaniye medreseleri de aklî ilimlerin ihtisas yeri olmuştur.