Bakteriler, ışık mikroskobunda çubuk (bacillus), yuvarlak (coccus), spiral (spirillum) ve virgül (vibrio) şeklinde görülür.
Basiller tek tek oldukları gibi, uç uca birleşen çubuklar şeklinde de olabilirler.
Nkfu.com’da yer alan bilgiye göre, yuvarlak bakteriler tek (coccus), ikili (diplococcus), uzun zincirler (strepto-coccus) ve üzüm salkımı (staphylococcus) şeklinde olur.
Danimarkalı bakteriyolog H.C. GRAM tarafından geliştirilen bir boyama metodu ile de bakteriler iki gruba ayrılır. Gram boyası ile boyananlara “Gram-pozitif bakteriler”, boyanmayanlara ise “Gram-negatif bakteriler” denir.
Başka bir sınıflandırma şekli de bakterilerin beslenme durumlarına göre yapılır. Şayet bir bakteri, sadece diğer hücrelerin parçalanmasıyla ortaya çıkan organik moleküllere ihtiyaç duyarsa, buna “heterotrof bakteri” denir.
Eğer bakteri, havadaki karbondioksiti kullanarak ihtiyaç duyduğu organik bileşikleri yapabiliyorsa, bunlara da “ototrof bakteri”ler denir.
Karbondioksitten besin elde etmek için gereken enerji, fotosentez yardımıyla ışıktan elde ediliyorsa, böyle bakterilere fotoototrof bakteriler denir. Bakteri bu enerjiyi ışıktan değil de inorganik bileşiklerin (yani H2S veya H2O) oksidasyonundan sağlıyorsa, böyle bakterilere kemoototrof bakteriler denir.
Bakterilerin değişik derecede oksijene ihtiyaç duymaları da bunların sınıflandırılmalarında göz önünde bulundurulur.
Bu ayırıma göre oksijen varlığında yaşayanlar “aerob bakteri”, oksijensiz ortamda yaşayanlar ise “anaerob bakteri”ler diye adlandırılır. Oksijenin hem varlığında, hem de yokluğunda yaşayabilenler geçici aerob veya geçici anaerob bakteriler olarak tanımlanır.
Bakteri sınıflandırmasının hangi esaslara göre yapıldığı ve büyük bakteri gruplarının kaça ayrıldığı aşağıda bir şema ile gösterilmiştir:
Bakteriler, toz parçacıklarına veya su damlacıklarına tutunarak havada ve suda uzak mesafelere taşınabilirler.
Diğer canlılar gibi bakterilerin de yaşaması ve çoğalması için enerjiye ihtiyaçları vardır. Bakterilerde metabolik olayları düzenleyen ve yöneten enzim sistemleri, diğer canlıların enzim sistemlerine çok benzer.