Fatih’de Vatan Caddesi ile Halıcılar Caddesinin birleştiği noktada sağ köşe üzerinde bulunmaktadır. Farklı devirlerde inşa edilmiş birbirine bitişik iki kilisesi ve mezar şapelinden oluşan yapı Bizans eseridir. Esası Constantinos Lips Manastırı‘dır. 907 yılında ölen Costantinos Lips tarafından manastırın kilisesi olarak yaptırılıp Meryem’e ithaf edilmiştir.
Bizans imparatorluğu’nun son sülalesi olan Paleologoslar döneminde bazı yeni kiliseler inşa edilmiş, diğerleri ise onarılmıştır. İmparator II. Mikhail’in (1261-82) eşi Theodora, 907 tarihli Constantin Lips Manastırı Kilisesinin yanına Vaftizci Yahya’ya adadığı loannes Prodromos Kilisesi (Fenari İsa Camii)’ni inşa ettirmiştir. Yapıda iki kilise bulunmaktadır. Kuzey kilise, Constantinos Lips; güney kilise ise, Theodora tarafından yapılmıştır.
14. yy’da kuzey ve güney kiliseyi batı ve güneyden saran L biçimli paraklesion (bazı kiliselerin bitişiğinde yapılan ek yapı; şapel veya mezar şapeli) eklenmiştir. İçinde yaklaşık 20 adet mermer lahit bulunmaktadır. Yapı II. Bayezid Dönemi’nde 15. yüzyıl sonlarında Osmanlı ulema ailesinden Fenarizadelerden Alaeddin Ali Efendi tarafından camiye çevrilmiş, manastır da zaviyeye dönüştürülmüştür. Molla Fenari İsa Camii’ni mimarlık tarihi açısından önemli kılan özellik ise, Kubbenin dört tarafında, dört küçük şapelin bulunmasıdır. Bu özelliği başka hiçbir Bizans kilisesinde bulmak mümkün değildir.
Molla Fenari Kimdir?
Osmanlı Devletinin ilk şeyhülislâmı ve büyük veli, ismi Muhammed olup, babasınınki Hamza’dır. Nisbeleri Rûmî ve Fenârî, lakabı Şemsüddîn’dir. 1350 (H.751) senesinde Fener köyünde doğdu. Bu köyde doğması veya babasının fenercilik sanatıyla meşguliyetinden dolayı “Fenari” nispetiyle meşhur oldu.
Babası Muhammed Hamza, zamanının büyük velilerindendi. Molla Fenari küçük yaşta babasından tasavvuf yolunu öğrenmeye başladı. Mevlânâ Alâüddîn Esved, Şeyh Cemaleddin Aksarayî, Şeyh Hamîdüddîn-i Kayserî’den ve zamânında bulunan diğer birçok büyük âlimden ders okudu. İlim tahsili için Mısır’a gidip, orada bulunan meşhur Hanefî fıkıh âlimi Kemâleddîn-i Bâbertî’den ilim öğrendi.
Molla Fenari İskender Tarihi’ni nazm eden meşhur şair Ahmedî ve tıpta Şifa kitabının sahibi tabip Hacı Paşa ile birlikte, Mısır’da Ekmeleddîn-i Bâbertî’nin huzurunda ders arkadaşı idiler. Bir gün bir veliyi ziyarete gitmişlerdi. Bu zât, onlara bakıp, Mevlânâ Ahmedî’ye; “Sen, vaktini şiirde harcarsın.” Hacı Paşaya; “Sen ömrünü tıpta harcarsın.”, Molla Fenari’ye ise; “Sen de, din ve dünya reisliğini, ilim ve takvayı birlikte bulundurursun.” buyurdu. Gerçekten de, bu zâtın buyurduğu gibi oldu. Din ilimleri yanında fizik, matematik ve astronomi de öğrenen Molla Fenari, tasavvufta yüksek derecelere kavuştu. İlim tahsîlini tamamladıktan sonra Anadolu’ya dönerek Bursa’ya yerleşti ve talebe yetiştirmeye başladı.
Molla Fenari, bir ara Bursa’daki hizmetlerini bırakıp Konya’ya gitmişti. Karaman Beyi ona çok iltifat ve ihsânlarda bulundu. Ders okutması için ricada bulundu. Orada da ders verip talebe yetiştirdi. Burada, Yâkub-i Asfâr ve Yâkûb-i Esved gibi zatlar ondan istifade edip, ilimde yüksek dereceye ulaştılar. Molla Fenari, bu iki talebesiyle daima iftihar ederdi. Karaman Beyinin kızı Gül Hâtun ile evlenerek, iki oğlu, iki kızı oldu. Sonra Osmanlı Sultanının dâveti üzerine tekrar Bursa’ya geldi. Eski hizmetlerine devam etti. İki oğlu da, kendisi gibi âlim olarak yetişti. Onlar da Bursa’da kadılık yapmışlardır.