4. Sultan Murat burayı kızı Kaya Sultan’a hediye etmiştir. Burada yapılan ilk yalı Kaya Sultan’a aittir. Bu yalı zaman içinde pek önemsenmemiştir ve 1703 yılında 3. Sultan Ahmet padişah olunca buraya bir saray yaptırmıştır. Sultan Ahmet zamanında Lale devri eğlencelerine sahne olan saray, 1. Mahmut’un ilk saltanat yıllarında ihmal edilmiştir. Fakat, 5-6 yıl kadar sonra tamir edilmiş ve tekrar kullanılmaya başlamıştır.
Çırağan Sarayı, 2. Mahmut zamanında yazlık saray olarak kullanılmıştır. 1836 yılında sarayın hemen yanında bulunan bir okul yıkılarak daha da genişletilmiştir. Saray tamamlandığı yıl tahta çıkan Abdülmecit, sarayı sürekli olarak kullanmaya başlamıştır. Abdülmecit, Dolmabahçe sarayını yaptırdıktan sonra oraya taşınmış ve Çırağan Sarayını tekrar yapmak için yıktırmıştır. Fakat, mali açıdan yaşanan sıkıntı onu vazgeçirmiştir.
Çırağan Sarayının yapılmasına Abdülaziz zamanında başlanmıştır. Yeni saray, bu defa tamamen beyaz mermer ve sütunlar ile süslenerek yapılmaktadır. Saray Osmanlı ve Avrupa saraylarının mimarisi karıştırılarak yapılmaktaydı. İç süslemeleri Dolmabahçe sarayından çok daha şatafatlıdır. Abdülaziz, 1866 yılında bu yeni saraya yerleşmiştir. Fakat, daha sonra tekrar Dolma Bahçe’ye yerleşmiştir.
Abdülaziz yerine tahta geçen 5. Murat, akli dengesi yerinde olmadığından tahtan indirilmiş ve 2. Abdülhamid tarafından Çırağan Sarayına kapatılmıştır. Yaklaşık 28 yıl burada yaşayan 5. Murat, 1904 yılında ölmüş ve tarihe geçmiştir. 1908 yılında 2. Meşrutiyet’in ilamından sonra 1909 yılında tüm vekiller Çırağan sarayında toplanmışlardır.
20 Ocak 1910 yılında kalorifer bacasından kaynaklı bir yangın Çırağan Sarayını komple yakmıştır. Şiddetli esen lodos ve itfaiyenin çok geç gelmesi nedeni ile hiçbir şey kurtulamamıştır. Yangında can kaybı olmasa da, tarihi, değeri yüksek pek çok evrak, 5. Murat’ın kütüphanesi ve ünlü ressamların tabloları yanmıştır. O günlerde ki değeri beş milyon altın olan bu saray, 1920-22 yılları arasında bir Fransız istihkam kıtası tarafından işgal edilmiştir. Bugün muhteşem bir otel olsa da eskiye dair içinde hiçbir şey yoktur.