Mustafa Tutkun 1972 Çanakkale Biga`da doğdu.İlk ve orta öğrenimini Çanakkale`de tamamladı.
1990 yılında Çanakkale İmam Hatip Lisesinden mezun olduktan sonra Yıldız Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesinde 3 yıl eğitim aldı.
Daha sonra bu bölümü bırakarak Malezya Uluslararası İslam Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinde Uluslararası İlişkiler bölümünü tamamladı.
1999 yılında Kosova’ya giderek 4 yıl bir sivil toplum kuruluşunun Kosova, Makedonya ve Arnavutluk`taki çalışmalarını yürüttü.
2003-2005 yılları arasında çocuklarda karakter eğitimi üzerine yayınlar yapan bir derginin kuruluşunu üstlendi.
2005 yılından buyana uluslararası faaliyetleri bulunan özel kurumlarda yöneticilik yaptı. Bu süre zarfında 70’den fazla ülkeyi ziyaret etti ve buralarda afet, yardım ve kalkınma projelerinin uygulanmasında görev aldı, birçok uluslararası toplantı ve konferansın organizasyonunu gerçekleştirdi. Çeşitli yayın organlarında makale ve köşe yazıları yazdı.
Türkiye Diyanet Vakfında Haziran 2011’de Dış İlişkiler Müdürü olarak göreve başlayan ve 23 Ocak 2012 tarihinden bu yana Türkiye Diyanet Vakfı Genel Müdür Yardımcılığı görevini yürüten Mustafa Tutkun, Türkiye Diyanet Vakfı Mütevelli Heyetinin aldığı karar doğrultusunda 9 Mayıs 2016 tarihi itibarıyla Türkiye Diyanet Vakfı Genel Müdürü olarak atandı.
Evli ve 3 çocuk babası olan Mustafa Tutkun, iyi derece İngilizce ve Arapça’nın yanı sıra orta düzey Arnavutça ve Malayca da bilmektedir