1964 yılında Erzurum’da doğdu. 1987 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinden mezun oldu.
1989-1992 yılları arasında Erzurum kaymakam adaylığı, daha sonra sırasıyla Isparta Gelendost, Artvin Yusufeli, Elazığ Palu, Sakarya Ferizli Kaymakamlığı, İçişleri Bakanlığı İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı, Cumhurbaşkanlığı İdari ve Mali İşler Başkanlığı ve İçişleri Bakanlığı Hukuk Müşavirliği görevlerini yürüttü.
Bir yıl süre ile İngiltere’de eğitim, 26 gün süreli olarak ta Japonya’da Afet yönetim Kursu ve İçişleri bakanlığının düzenlemiş olduğu çok sayıda Mülki İdare seminerlerine katılmış ve Sakarya Üniversitesi Kamu Yönetimi Bölümünde lisansüstü eğitimini tamamlamıştır.
Görev yaptığı süre içerisinde 9 adet takdirname 1 adet Teşekkür Belgesi almış ve 1 kez de maaş ödülü ile ödüllendirilmiştir.
Mükerrem ÜNLÜER İçişleri Bakanlığı Hukuk Müşaviri görevindeyken 02.08.2013 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ile Bayburt Valiliği görevine atandı. ÜNLÜER 16.09.2014 tarihi itibariyle merkeze alındı.
Mükerrem ÜNLÜER evli ve 2 çocuk babasıdır. İngilizce bilmektedir.