1946 yılında İstanbul’da doğdu.
Öğrenim hayatını takiben, aile mesleği olan ve yaklaşık yüz yıldır denizcilik sektöründe faaliyet gösteren şirketlerde çalışma hayatına başladı.
İş dünyasında ve sosyal yaşamda önemli görevler üstlenen Kaptanoğlu, Deniz Ticaret Odası Yönetim Kurulu Başkan Vekilliği, TOBB Konsey Başkanlığı, BJK Yönetim Kurulu Asbaşkanlığı, Doğuş Üniversitesi Mütevelli Heyeti Üyeliği yaptı. Halen, Kaptanoğlu Holding’in ve Deniz Nakliyatı T.A.Ş’nin Yönetim Kurulu Başkanlığı, Türk Gemi Armatörleri Kooperatifi Başkanlığı, Deniz Ticaret Odası Meclis Üyeliği, TOBB Konsey Üyeliği görevlerini sürdürmekte olan Kaptanoğlu, aynı zamanda Türk Deniz Eğitim Vakfı (TÜDEV), Deniztemiz Derneği (TURMEPA), İstanbul Eğitim Vakfı ve Rize Vakfı kurucu üyelerindendir.
Gündüz Kaptanoğlu 7 Mayıs 2017 tarihinde yapılan seçimle Büyük Kulüp Başkanlığına seçilmiştir.