1968 yılında Karadeniz Ereğli’de doğan Aylin Çiftçi, TED Koleji ve İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden mezun oldu.
Mecburi hizmetini Artvin’de tamamladıktan sonra İstanbul Büyükşehir Belediyesi Sağlık Daire Başkanlığı’nda 1995 yılında göreve başlayan Çiftçi, engelliler, kadın sağlığı, evde bakım, sokak çocukları ve yaşlı bakımı alanlarındaki projelerin planlanması, yürütülmesi ve denetiminde uygulamacı ve idareci olarak 12 yıl görev yaptı.
İstanbul Büyükşehir Belediyesi Sağlık ve Sosyal Hizmetler Daire Başkanlığı’nda Darülaceze Müdür Yardımcılığı, Sağlık Müdürlüğü, Engelliler Müdürlüğü görevlerinde bulunduktan sonra 2011 yılında Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığı Engelli ve Yaşlı Hizmetleri Genel Müdürlüğü görevini yürüttü.